Choco-Story Brussels blev grundlagt i 1998 af Gabrielle Draps, en belgisk chokoladehåndværker i tredje generation og hustru til Godiva-grundlæggeren Joseph »Jo« Draps. Hun grundlagde museumet – der oprindeligt hed Museum of Cocoa and Chocolate – for at hylde chokoladens 5.000 år lange historie.
Museet, der oprindeligt havde til huse i en bygning fra 1697 tæt på Grand Place, bød på udstillinger, smagsprøver og workshops fordelt på tre etager. Ledelsen blev i 2007 overdraget til hendes datter, Peggy van Lierde, og efter et samarbejde med familien Van Belle fra Choco-Story Bruges skiftede virksomheden i 2014 navn til Choco-Story Brussels.
I 2019 flyttede man til et større lokale på 1.800 m² på Rue de l'Étuve 41 tæt på Manneken Pis, hvor der blev skabt plads til flere udstillingsgallerier, områder til live-demonstrationer, interaktive workshops og smagsprøver, så besøgende kan følge kakaobønnens rejse fra det gamle Mellemamerika til moderne belgiske praliner.