Choco-Story Brussels wurde 1998 von Gabrielle Draps gegründet, einer belgischen Chocolatière in dritter Generation und Ehefrau des Godiva-Gründers Joseph „Jo“ Draps. Sie gründete das Museum – ursprünglich das Museum für Kakao und Schokolade –, um die 5.000-jährige Geschichte der Schokolade zu würdigen.
Das Museum, das ursprünglich in einem Gebäude aus dem Jahr 1697 in der Nähe des Grand Place untergebracht war, bot auf drei Etagen Ausstellungen, Verkostungen und Workshops an. Die Geschäftsführung ging 2007 an ihre Tochter Peggy van Lierde über, und nach einer Zusammenarbeit mit der Familie Van Belle von Choco-Story Brügge wurde das Unternehmen 2014 in Choco-Story Brüssel umbenannt.
Durch den Umzug im Jahr 2019 in größere Räumlichkeiten mit einer Fläche von 1.800 m² in der Rue de l'Étuve 41 in der Nähe des Manneken Pis wurden die Ausstellungsräume, Bereiche für Live-Vorführungen, interaktive Workshops und Verkostungsstationen erweitert, sodass Besucher nun die Reise des Kakaos vom alten Mesoamerika bis hin zu modernen belgischen Pralinen nachverfolgen können.