Choco-Story Brussels fue fundada en 1998 por Gabrielle Draps, una artesana del chocolate belga de tercera generación y esposa del fundador de Godiva, Joseph «Jo» Draps. Creó el museo —que en un principio se llamaba Museo del Cacao y el Chocolate— para rendir homenaje a los 5000 años de historia del chocolate.
Al principio, el museo estaba ubicado en un edificio de 1697 cerca de la Grand Place y ofrecía exposiciones, catas y talleres repartidos en tres plantas. En 2007, la dirección pasó a manos de su hija, Peggy van Lierde, y tras asociarse con la familia Van Belle, de Choco-Story Brujas, en 2014 se renombró como Choco-Story Bruselas.
En 2019, el traslado a un local más amplio de 1.800 m² en la Rue de l'Étuve, 41, cerca del Manneken Pis, permitió ampliar las galerías, los espacios de demostraciones en directo, los talleres interactivos y las estaciones de degustación, lo que permite a los visitantes descubrir el recorrido del cacao desde la antigua Mesoamérica hasta los modernos bombones belgas.