Choco-Story Brussels è stata fondata nel 1998 da Gabrielle Draps, artigiana del cioccolato belga di terza generazione e moglie di Joseph “Jo” Draps, fondatore di Godiva. Ha fondato il museo — originariamente chiamato Museo del Cacao e del Cioccolato — per celebrare i 5.000 anni di storia del cioccolato.
Inizialmente ospitato in un edificio del 1697 vicino alla Grand Place, il museo proponeva mostre, degustazioni e laboratori distribuiti su tre piani. Nel 2007 la gestione è passata alla figlia Peggy van Lierde e, dopo aver stretto una partnership con la famiglia Van Belle di Choco-Story Bruges, nel 2014 il marchio è stato rinominato Choco-Story Brussels.
Il trasferimento nel 2019 in una sede più ampia di 1.800 m² in Rue de l'Étuve 41, vicino al Manneken Pis, ha permesso di ampliare le gallerie, gli spazi dedicati alle dimostrazioni dal vivo, i laboratori interattivi e le postazioni di degustazione, consentendo ai visitatori di scoprire il viaggio del cacao dall'antica Mesoamerica alle moderne praline belghe.