Firma Choco-Story Brussels została założona w 1998 roku przez Gabrielle Draps, belgijską rzemieślniczkę czekoladową z trzeciego pokolenia i żonę założyciela firmy Godiva, Josepha „Jo” Drapsa. Założyła to muzeum – pierwotnie nazywane Muzeum Kakao i Czekolady – żeby uczcić bogatą, liczącą 5000 lat historię czekolady.
Muzeum, które początkowo mieściło się w budynku z 1697 roku w pobliżu Grand Place, oferowało wystawy, degustacje i warsztaty na trzech piętrach. W 2007 roku kierownictwo przejęła jej córka Peggy van Lierde, a po nawiązaniu współpracy z rodziną Van Belle z Choco-Story Bruges firma zmieniła nazwę w 2014 roku na Choco-Story Brussels.
W 2019 roku przeniesiono się do większej siedziby o powierzchni 1800 m² przy Rue de l'Étuve 41, niedaleko Manneken Pis. Dzięki temu powiększono galerie, przestrzenie do pokazów na żywo, interaktywne warsztaty i stanowiska degustacyjne, co pozwala odwiedzającym poznać drogę kakao od starożytnej Mezoameryki po współczesne belgijskie pralinki.