A Choco-Story Brussels foi fundada em 1998 por Gabrielle Draps, uma artesã de chocolate belga de terceira geração e esposa do fundador da Godiva, Joseph “Jo” Draps. Ela criou o museu — que antes se chamava Museu do Cacau e do Chocolate — para celebrar a rica história de 5.000 anos do chocolate.
Inicialmente instalado em um prédio de 1697 perto da Grand Place, o museu oferecia exposições, degustações e oficinas distribuídas por três andares. A gestão passou para a filha dela, Peggy van Lierde, em 2007, e, após uma parceria com a família Van Belle, da Choco-Story Bruges, a marca foi renomeada em 2014 como Choco-Story Brussels.
A mudança, em 2019, para um espaço maior de 1.800 m² na Rue de l'Étuve, 41, perto do Manneken Pis, ampliou as galerias, os espaços de demonstrações ao vivo, as oficinas interativas e as estações de degustação, permitindo que os visitantes explorem a trajetória do cacau, desde a antiga Mesoamérica até os modernos bombons belgas.