Choco-Story Brussels grundades 1998 av Gabrielle Draps, en belgisk chokladkonstnär i tredje generationen och hustru till Godivas grundare Joseph ”Jo” Draps. Hon grundade museet – som ursprungligen hette Museum of Cocoa and Chocolate – för att hylla chokladens 5 000 år långa historia.
Museumet, som ursprungligen var inrymt i en byggnad från 1697 nära Grand Place, erbjöd utställningar, provsmakningar och workshops på tre våningar. Ledningen övergick till hennes dotter Peggy van Lierde år 2007, och efter ett samarbete med familjen Van Belle från Choco-Story Bruges bytte företaget namn till Choco-Story Brussels år 2014.
I samband med flytten 2019 till en större lokal på 1 800 m² på Rue de l'Étuve 41, nära Manneken Pis, utökades gallerierna, utrymmena för Live-demonstrationer, de interaktiva workshoparna och provsmakningsstationerna, vilket gör det möjligt för besökarna att följa kakaons resa från det forntida Mesoamerika till moderna belgiska praliner.