Choco-Story Brussels, üçüncü kuşak Belçikalı çikolata ustası ve Godiva'nın kurucusu Joseph “Jo” Draps'ın eşi Gabrielle Draps tarafından 1998 yılında kuruldu. Çikolatanın 5.000 yıllık zengin tarihini kutlamak amacıyla bu müzeyi —asıl adıyla Kakao ve Çikolata Müzesi— kurdu.
Başlangıçta Grand Place yakınlarındaki 1697 tarihli bir binada yer alan müze, üç katta sergiler, tadım etkinlikleri ve atölye çalışmaları sunuyordu. İşletme, 2007 yılında kızı Peggy van Lierde'ye devredildi ve Choco-Story Bruges'in sahibi Van Belle ailesiyle ortaklık kurduktan sonra, 2014 yılında Choco-Story Brussels olarak yeniden markalandı.
2019 yılında Manneken Pis yakınlarındaki Rue de l'Étuve 41 adresinde bulunan 1.800 m²'lik daha geniş bir mekana taşınılmasıyla galeriler, canlı gösteri alanları, interaktif atölyeler ve tadım istasyonları genişletildi; böylece ziyaretçiler, kakaonun antik Mezoamerika'dan modern Belçika pralinlerine uzanan yolculuğunu keşfedebiliyor.