Choco-Story Brussels werd in 1998 opgericht door Gabrielle Draps, een Belgische chocoladebouwster van de derde generatie en de vrouw van Godiva-oprichter Joseph ‘Jo’ Draps. Ze heeft het museum – oorspronkelijk het Museum van Cacao en Chocolade – opgericht om de rijke, 5000 jaar oude geschiedenis van chocolade te vieren.
Het museum, dat aanvankelijk gevestigd was in een gebouw uit 1697 vlakbij de Grote Markt, bood tentoonstellingen, proeverijen en workshops aan, verspreid over drie verdiepingen. In 2007 nam haar dochter Peggy van Lierde het roer over, en na een samenwerking met de familie Van Belle van Choco-Story Brugge kreeg het bedrijf in 2014 een nieuwe naam: Choco-Story Brussels.
Door de verhuizing in 2019 naar een grotere locatie van 1.800 m² aan de Rue de l'Étuve 41, vlakbij Manneken Pis, zijn de galerijen, ruimtes voor live-demonstraties, interactieve workshops en proeverijen uitgebreid. Zo kunnen bezoekers de reis van cacao ontdekken, van het oude Meso-Amerika tot de moderne Belgische pralines.