Choco-Story Brussels ble grunnlagt i 1998 av Gabrielle Draps, en belgisk sjokoladekunstner i tredje generasjon og kone til Godiva-grunnleggeren Joseph «Jo» Draps. Hun opprettet museet – som opprinnelig het Museum of Cocoa and Chocolate – for å feire sjokoladens 5000 år lange historie.
Museumet, som opprinnelig holdt til i en bygning fra 1697 i nærheten av Grand Place, tilbød utstillinger, smaksprøver og verksteder fordelt på tre etasjer. Ledelsen ble overført til datteren Peggy van Lierde i 2007, og etter et samarbeid med Van Belle-familien fra Choco-Story Brugge ble virksomheten omdøpt til Choco-Story Brussels i 2014.
Etter flyttingen i 2019 til et større lokale på 1 800 m² i Rue de l'Étuve 41, i nærheten av Manneken Pis, ble gallerier, lokalene for live-demonstrasjoner, de interaktive verkstedene og smaksprøvestasjonene utvidet, slik at besøkende kan oppleve kakaos reise fra det gamle Mesoamerika til moderne belgiske praliner.