Choco-Story Brussels a fost fondată în 1998 de Gabrielle Draps, o artizană belgiană a ciocolatei din a treia generație și soția lui Joseph „Jo” Draps, fondatorul Godiva. Ea a înființat Muzeul — denumit inițial Muzeul Cacaoului și Ciocolatei — pentru a celebra bogata istorie de 5.000 de ani a ciocolatei.
Inițial găzduit într-o clădire din 1697 situată în apropierea Grand Place, Muzeul a oferit expoziții, degustări și ateliere pe trei etaje. Conducerea a fost preluată de fiica sa, Peggy van Lierde, în 2007, iar după ce a încheiat un parteneriat cu familia Van Belle de la Choco-Story Bruges, compania a fost redenumită în 2014 Choco-Story Brussels.
Mutarea din 2019 într-un spațiu mai mare, de 1.800 m², situat pe Rue de l'Étuve nr. 41, în apropierea statuii Manneken Pis, a permis extinderea galeriilor, a spațiilor destinate demonstrațiilor live, a atelierelor interactive și a punctelor de degustare, oferind vizitatorilor posibilitatea de a descoperi parcursul cacao-ului, de la Mesoamerica antică până la pralinele belgiene moderne.