Компания Choco-Story Brussels была основана в 1998 году Габриэль Драпс, мастером-шоколатье в третьем поколении и женой основателя Godiva Джозефа «Джо» Драпса. Она создала этот Музей — изначально он назывался «Музей какао и шоколада» — чтобы рассказать о богатой 5000-летней истории шоколада.
Сначала Музей располагался в здании 1697 года постройки рядом с Гран-Плас и предлагал посетителям выставки, дегустации и мастер-классы на трёх этажах. В 2007 году управление перешло к её дочери Пегги ван Лирде, а после объединения с семьёй Ван Белле из Choco-Story Bruges в 2014 году компания была переименована в Choco-Story Brussels.
В 2019 году мы переехали в более просторное помещение площадью 1800 м² по адресу Rue de l'Étuve, 41, недалеко от статуи «Маннекен-Пис». Здесь мы расширили галереи, зоны живых демонстраций, интерактивные мастер-классы и дегустационные зоны, что позволяет посетителям проследить путь какао от древней Мезоамерики до современных бельгийских пралине.